Der jüngste Sohn des Stammvaters Johannes Hermanus Koekkoek lernt ebenfalls vom Vater. Er führt die Tradition der Seemalerei fort.
1826 geht er mit dem Vater nach Durgerdam, 1832 bereits beschickt der die ersten Salons mit seinen Gemälden. 1842-1857 ist er in Amsterdam tätig, darauf in Nieuwer Amstel und seit 1873 wieder in Amsterdam. Seine letzten Lebensmonate verbringt er in Haarlem.
Wie auch der Vater ist er stark von den niederländischen Seemalern des 17. Jahrhunderts beeinflusst. Er zeigt in seinen Gemälden die Naturgewalt der Zuiderzee (heute Ijsselmeer), die erst 1932 eingedeicht wird und der im 19. Jahrhundert die Menschen noch ausgeliefert sind.
Der Künstler wird 1840 Mitglied der Königlichen Akademie Amsterdam. 1841 tritt er der der Rotterdamer Zeichengesellschaft „Hierdoor tot Hooger“ (Hierdurch zu Höherem) und der Künstlergenossenschaft „Schilderkundig Genootschap“ bei. 1875 wird er auf der Ausstellung der Amsterdamer Künstlervereinigung „Arti et Amicitiae“ mit einer Goldmedaille ausgezeichnet.
Hermanus Koekkoek heiratet 1837 die Amsterdamer Beamtentochter Johanna Maria de Soet. Das Paar hat vier Söhne und zwei (oder drei) Töchter (Anna Elisabeth (geb. 1842) Elisabeth Johanna Maria (geb. 1845) und Anna Paulina Catharina (geb. 1856).
Der Vater unterrichtet die Söhne in der Malerei. Ein weiterer Schüler ist der Seemaler Willem Gruyter d.J. (1817-1880). Hermanus hinterlässt ein umfangreiches, von den Zeitgenossen sehr geschätztes Werk. Es ist u.a. in den Museen in Amsterdam (Schifffahrtsmuseum, Museum Fodor, Rijksmuseum), im Groninger Museum, Museum Boymans van Beuningen Rotterdam vertreten. Seine Gemälde sind sowohl in den Niederlanden als auch in England begehrt, verkauft über den Kunsthandel seines Sohnes Hermanus Koekkoek d.J. in London.