Hermanus Koekkoek trägt den Vornamen seines Vaters, daher hat er den Namenszusatz „der Jüngere“.
Wie seine drei Brüder Willem, Johannes Hermanus Barend und Hendrik Barend lernt er bei seinem Vater. 1851 ist er in Amsterdam, 1859-1860 in Nieuwer-Amstel. 1860 geht er nach England, hält aber Verbindung zu seiner Heimat. Er ist Mitglied der Amsterdamer „Kunstgezelschap Michelangelo Buonarotti“ (M.A.B.).
Er heiratet 1863 in Amsterdam Cornelia Muller. Sie lassen sich in Middlesex/ England (heute Greater London) nieder. 1866 werden sie in ihrer neuen Heimat naturalisiert. Das Paar hat zu diesem Zeitpunkt zwei Kinder. Der Sohn Stephen Robert wird ebenfalls Maler, der Sohn Frederik Schauspieler mit dem Pseudonym Frederik Lane.
1869 zieht die Familie nach London-Stadt. Die Motive des Malers Hermanus d.J. sind auf den englischen Markt zugeschnitten: Küstenlandschaften vor allem des Ärmelkanals und der Insel Jersey. In London gründet Hermanus d.J. 1880 einen Kunsthandel (Fine Art Gallery of Modern Pictures, Piccadilly 72), in dem er mit Gemälden europäischer Künstler, vor allem aber der Koekkoek-Familie, handelt. Für seine eigenen Werke der Londoner Zeit benutzt er nun auch die Pseudonyme Jan van Couver und Louis van Staaten. Als Maler ist er seither weniger aktiv, nähert sich dem Stil der Haager Schule an
Hermanus d.J. organisiert viele Ausstellungen in England und in den Niederlanden. Der Handel floriert und trägt dazu bei, dass die Werke der Familie Koekkoek weltweit – vor allem in Großbritannien und im United Kingdom – verbreitet werden. 1883 stattet Willem III der Niederlande seinem Geschäft einen Besuch ab. Bereits zuvor wird dessen Name in „H. Koekkoek and Sons“ geändert. Seine Brüder Willem und Barend Hendrik sowie auch sein Vetter Hendrik Pieter gehen später nach England. 1890-1892 wird eine Dependance des Geschäftes in Melbourne, Australien unter dem neuen Namen unterhalten. Hier werden die Gemälde der gesamten Künstlerfamilie Koekkoek ausgestellt. In Folge der Wirtschaftskrise muss Hermanus d.J. 1894 den Londoner Kunsthandel verkleinern und 1900 endgültig schließen. Der Künstler ist in der englischen Hauptstadt ein aktives Mitglied der Gesellschaft und übernimmt zahlreiche soziale Funktionen. 1909 stirbt er bei einem Besuch in Den Haag. Sein Sohn Stephen Robert Koekkoek wird ebenfalls Maler und vom Vater unterrichtet.
Das B.C. Koekkoek-Haus besitzt ein Skizzenbuch und ein frühes Gemälde von Hermanus.