Gemäß der Familientradition wird auch Marinus Adrianus d.J. wie sein Bruder Hermanus Willem vom Vater Willem Koekkoek unterrichtet. Er interessiert sich für Darstellungen von Tieren und Pflanzen, malt Landschaften und Stallinterieurs. In seiner Jugend geht er mit dem niederländischen Naturschützer Eli Heimans auf Exkursion durch die heimische Natur und liefert einige Zeichnungen für dessen Publikationen.
Der Künstler heiratet 1901 Judith Gerritsen in Amsterdam, ein Sohn Kees (Cornelis) Koekkoek wird 1903 geboren. Die Familie lebt zu diesem Zeitpunkt in Watergraafsmeer (heute Ortsteil von Amsterdam-Oost). Sohn Kees wird später ebenfalls Künstler.
1915 wird die Familie auf der Totenkarte der Mutter Johanna Hermina als in Utrecht wohnhaft erwähnt.
1916 stellt ihn das Rijksmuseum van Natuurlijke Historie in Leiden als wissenschaftlichen Zeichner ein. Für dieses Institut ist er ca. zwanzig Jahre tätig. Unter Redaktion des damaligen Direktors des Institutes Eduard Daniël van Oort (1876-1933) entstehen 407 Illustrationen zur „Ornithologia Neerlandica“ (herausgegeben 1922-1935, bekannt als „De Vogels van Nederland“). Teile dieser aufwändigen Farblithografien, die die Tiere detailgetreu in ihrer jeweiligen charakteristischen Umgebung zeigen, befinden sich in der Sammlung des B.C. Koekkoek-Haus.
Marinus Adrianus d.J. ist in den Niederlanden bis heute bekannt durch seine Aquarelle für zwei Reihen von zwölf naturwissenschaftlichen Schulwandtafeln. Die erste Reihe hat den Titel „In unserem Land“ (Das Naardermeer, Auf der Wiese, Im Graben und im Teich, Süßwasserfische, In der Nordsee, Winter-Vögel, Der Strand, In den Dünen, An den Ruinen, Auf dem Fluss, Auf der Heide und In den Wäldern). Eine zweite Reihe trägt den Namen „Außerhalb unseres Landes“ (Die Bewohner der Karpaten, In Schnee und Eis, In einem deutschen Bergwald, In der Region des Oberen Nil, Am Rande der Kalahari, Unter den Dattelpalmen, Nordamerikanische Waldbewohner, Im brasilianischen Dschungel, In der Sibirischen Ebene, Borneo, Im Dschungel und Die australische Fauna).
Es entstehen später weitere zwölf weitere Aquarelle, mit denen die Reihe „In unserem Land“ neu aufgelegt wird. 1944 produzierte Koekkoek eine Reihe von Postkartenmotiven für den Amsterdamer Zoo Artis.