Als einziger Sohn des Marinus Adrianus Koekkoek, lernt er die Malerei von seinem Vater. Er lebt bis 1850 in Amsterdam. Seit den 1860er Jahren übernimmt er den Stil seines Vaters in feinmalerisch ausgearbeiteten Wald- und Flusslandschaften.
Von 1866 – 1877 ist er in Den Haag, zeitweise auch in London anzutreffen, wo sein Vetter Hermanus Koekkoek der Jüngere einen Kunsthandel betreibt. In Amsterdam ist er darauf bis 1889 gemeldet, danach geht er nach England. Tätig ist er in der Gegend von Guildford im Südwesten von London (Surrey), wohin ihm auch sein Vetter Barend Hendrik folgt.
Pieter Hendrik, der ausschließlich mit H.P. Koekkoek signiert, um sich von seinem früh verstorbenen älteren Bruder gleichen Namens abzusetzen, entwickelt in seiner Zeit in England einen stärker realistischen Stil, angepasst an den englischen Geschmack. Vor allem Winterlandschaften sind hier beliebt. Er steht dem inzwischen in Frankreich und den Niederlanden bevorzugten impressionistischen Stil fern.