Der Arzt Heinrich van Ackeren hat zur Geschichte des Hauses im 20. Jahrhundert das Wesentliche zusammengetragen. Beim Verkauf durch den Klever Bauunternehmer Kleindorp (Anzeige von 1896) wird der Besitz mehrfach geteilt: Der Kirchenmaler Heinrich Lamers (Kleve 1864-1933 Kleve) erwirbt den Atelierturm mit dem oberen Teil des Gartens und richtet hier seine Werkstatt ein. Er bewohnt zur Jahrhundertwende das benachbarte ehemalige Zollhäuschen an der Kavarinerstraße, das Koekkoek nicht erwerben konnte. Damit wird das Belvédère vom Wohnhaus getrennt und befindet sich seitdem in Privatbesitz (in Folge die Künstler Heinrich Lamers, Hanns Lamers und seit 1967 der Architekt Werner van Ackeren, der die Ruine restauriert).
Das eigentliche Wohnhaus Koekkoek wird vermietet an die Witwe des Gocher Notars Justizrat Wilhelm von Aerßen, anschließend an Landgerichtsrat Dr. Eduard Sarazin.
Mit dem Jahr 1902 bestimmt die Familie van Ackeren die weiteren Geschicke des Hauses. Der Käufer Hans van Ackeren tauscht mit Heinrich Lamers, erhält von ihm das Zollhäuschen. Jener wiederum erhält einen Teil des ehemals großen Koekkoek’schen Gartens oberhalb der heutigen Koekkoekstege bis zum Schweinemarkt hin, wo er in den Folgejahren einen weiteren Atelierbau anstelle der ehemaligen Stallungen errichtet.
Hans van Ackeren, ein aus Emmerich stammender Arzt, der ein sehr kunstsinniger Mann ist, lässt das Zollhäuschen abreißen und schafft so Raum für den Anbau einer Arztpraxis, Treppenhaus und Warteräumen, sowie einen weiteren Wohnraum für die Familie. Mit den Planungen für den Anbau beauftragt er 1909 den Kölner Architekten Heinrich Krings (1875-1925). Auflage ist die Anpassung an das historische Vorbild. Heinrich Krings, der sich vor allem einen Namen im Kirchenbau macht, zeichnet 1905 für die die Landwirtschaftsschule in Kleve. Die Entwurfsskizze von Krings für Haus Koekkoek befindet sich noch in Familienbesitz. Der Plan wird schlichter ausgeführt durch den Klever Architekten Otto van de Sandt. Die von Krings gefertigte Skizze enthält wie damals verwirklicht, den Eingang zur damaligen Arztpraxis – heute der Museumseingang.
Heinrich van Ackeren, Sohn des Hans van Ackeren, berichtet über die Nachkriegszeit: Das Haus wird nicht zerstört, allerdings beschädigt, unter anderem das Dach, es regnet durch. Es wird geplündert, die Kunstsammlungen des Hans van Ackeren gestohlen oder zerschlagen. Durch den neu ernannten Klever Bürgermeister Dr. Stapper wird es 1945 beschlagnahmt und dient zunächst als Rathaus. Heinrich van Ackeren schreibt: „Die gesamte Stadtverwaltung, die Polizei, die städtische Sparkasse und sogar das Arbeitsamt waren anfänglich in Koekkoeks altem Hause untergebracht. So hatten fast alle Klever Gelegenheit, es von innen kennenzulernen.“
1956 erwirbt die Stadt Kleve das Palais Koekkoek mit dem Plan für ein städtisches Museum für Kunst und Kulturgeschichte. Es wird am 10. Mai 1960 eröffnet. Bis 1997 steht es in dieser Funktion als „Städtisches Museum Haus Koekkoek“. Als 1997 die Stadt Kleve das „Museum Kurhaus“ eröffnet, erwirbt die Nordrhein-Westfalen-Stiftung Naturschutz, Heimat- und Kulturpflege das Haus Koekkoek. Gemeinsam mit der neugegründeten Stiftung B.C. Koekkoek-Haus öffnet sie das Gebäude für die Öffentlichkeit als ein Museum für die Romantik.